2023年6月14日,複旦大學(xué)附屬兒科醫院/複旦大學(xué)生物醫學(xué)研究院雙聘PI陳海威博士在Cell期刊發(fā)表了題爲“Highly multiplexed bioactivity screening reveals human and microbiota metabolome-GPCRome interactions”(第一作者兼共同通訊作者),繪制人體/人體細菌代謝物-GPCR作用圖譜。
人體由人體細胞和人體微生物(主要爲人體細菌)組成(chéng)。每個人體内含有~1014個細菌,300-500菌種(zhǒng)和數百萬個細菌基因,遠遠超過(guò)人體細胞數量(~1013個細胞),細胞種(zhǒng)類(~200種(zhǒng))和基因數量(~2萬個)。人體微生物在人體内發(fā)揮什麼(me)功能(néng),一直是學(xué)術界在思考和研究的科學(xué)問題。
陳海威博士早期研究鑒定出人體腸道(dào)細菌可以分泌活性小分子代謝物(如組胺,苯乙胺,苯丙胺酸等),通過(guò)激活宿主G蛋白偶聯受體(GPCR;如組胺受體,多巴胺受體,GPR56/GPR97等)來調節其生理和病理活動,相關工作在2019年以第一作者身份發(fā)表在Cell期刊上(https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.03.036)。
近幾年,陳海威博士對(duì)GPCR信号轉導體系進(jìn)行系統性改造,將(jiāng)原先低通量功能(néng)性篩選平台PRESTO-Tango(“一對(duì)一”篩選)升級爲PRESTO-Salsa篩選平台,從而讓314種(zhǒng)GPCR報告細胞集成(chéng)在(96孔闆)單孔中,用于“一對(duì)多”篩選。PRESTO-Salsa可對(duì)小分子,多肽,蛋白質,細菌培養上清,血清等多種(zhǒng)樣品進(jìn)行活性檢測,具有通量高和所需樣品量少等優點。基于PRESTO-Salsa,陳海威博士對(duì)1,041個人體小分子代謝物和435株人體細菌培養上清(對(duì)314個GPCR)進(jìn)行了功能(néng)性篩選,初步繪制了人體/人體細菌代謝物-GPCR作用圖譜(http://palmlab.shinyapps.io/presto-salsa/)。
該人體/人體細菌代謝物-GPCR作用圖譜,爲學(xué)術界系統性思考、研究潛在的①人體/人體細菌代謝物的作用靶點及功能(néng),②小分子藥物副作用的分子機制,③孤兒GPCR内源性配體和生物學(xué)功能(néng)提供了數據參考;同時(shí),由于PRESTO-Salsa篩選平台隻需“一滴血”的樣品量(60微升)即可完成(chéng)對(duì)314個GPCR的功能(néng)篩選,因此該技術④适合對(duì)多種(zhǒng)疾病(如自身免疫性疾病,代謝性疾病,惡性腫瘤等)樣品量極少的病理樣本(如血清,腦脊液,腫瘤組織勻漿等)進(jìn)行功能(néng)性篩選,系統性尋找與多種(zhǒng)疾病相關的活性分子或生物标志物(如小分子代謝物,多肽類荷爾蒙,蛋白類趨化因子,自身抗體等),爲多種(zhǒng)疾病的分子診斷和病理學(xué)機制研究提供技術支撐。
文章出處:https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.05.024
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