普外科自1958年複旦大學(xué)附屬兒科醫院成(chéng)立小兒外科專業以來就(jiù)是其重要核心部分。經(jīng)過(guò)60年幾代人的不懈努力，目前已發(fā)展成(chéng)爲在醫教研上都(dōu)具有重要影響力的小兒外科專業。2002年，獲準成(chéng)爲上海市小兒外科疑難重症診治中心，2013年成(chéng)爲小兒外科“國(guó)家臨床重點專科建設”單位，2017年成(chéng)爲上海市小兒外科重點學(xué)科（重中之重）。連續十年榮獲“全國(guó)最佳醫院和最佳專科聲譽排行榜”的專科排名第二名。
　　肝膽外科：爲全世界最大的膽道(dào)閉鎖診治中心，年均單中心診治病例數約200-300例。作爲牽頭單位，組織編寫了《大陸地區膽道(dào)閉鎖臨床診療專家共識》，多次主辦全國(guó)肝膽疾病學(xué)習班及膽道(dào)閉鎖國(guó)際論壇；設立中國(guó)膽道(dào)閉鎖協作網；開(kāi)發(fā)膽道(dào)閉鎖篩查識别手機軟件；研發(fā)膽道(dào)閉鎖基質金屬蛋白酶（MMP-7）聯合檢測試劑盒和診斷試紙，使得膽道(dào)閉鎖早期診斷準确率超過(guò)95%。每年組織“小金人”俱樂部活動，指導膽道(dào)閉鎖患兒、家長(cháng)進(jìn)行治療、康複。作爲率先在國(guó)内開(kāi)展小兒肝移植手術的科室，科室每年聯合完成(chéng)親體移植手術30-50例，總體生存率超過(guò)90%。國(guó)内率先在兒童專科醫院锺獨立開(kāi)展十二指腸鏡（ERCP）操作，進(jìn)行頓挫型膽管擴張症、膽總管結石、良性膽管狹窄、膽瘘、慢行胰腺炎等的治療，正逐步成(chéng)爲特色技術。門靜脈海綿樣變（Rex分流術，脾腎分流術、斷流術、套紮等）、門靜脈畸形（Abernethy）的手術綜合治療等方面(miàn)處于國(guó)内領先水平。
　　肛腸外科：在國(guó)内率先開(kāi)展後(hòu)矢狀入路先天性直腸肛門畸形手術,每年完成(chéng)高位直腸肛門畸形及洩殖腔畸形（一穴肛）20-40例，成(chéng)功舉辦全國(guó)先天性肛腸畸形學(xué)習班,已形成(chéng)從手術，病理診斷到腸道(dào)管理的全面(miàn)診療體系，并積累了豐富的肛腸畸形再手術經(jīng)驗。先天性巨結腸及類緣病、短腸綜合症STEP延長(cháng)術等治療具備一定特色。
　　微創技術：除開(kāi)展傳統腹腔鏡治療先天性膽管擴張症、巨結腸、高位無肛、食道(dào)裂孔疝、先天性食道(dào)狹窄等疾病的初診治療和再手術，也開(kāi)展各種(zhǒng)單切口腔鏡技術，多人次獲得全國(guó)中青年醫師微創手術比賽大獎。近年來開(kāi)展了内鏡下手術治療消化道(dào)畸形的新技術，開(kāi)創了無創手術的新模式，如内鏡下氣道(dào)食道(dào)瘘夾閉術、十二指腸膈膜内鏡切除術、内鏡下食管括約肌切開(kāi)術（POEM）、内鏡下先天性肥厚性幽門狹窄（G-POEM）、急性闌尾炎内鏡引流取石等均處于國(guó)内領先水平。
　　科研教學(xué)：普外科爲國(guó)内最大的小兒外科住院醫師及專科規範化培訓基地之一，作爲博士點和重點學(xué)科，每年培養許多臨床和科學(xué)研究人才，并爲國(guó)内、特别是中西部地區小兒外科醫師隊伍輸送有生力量。專科擁有正高6名，博士生導師3名，碩士生導師3名，是太平洋小兒外科醫師協會(huì)理事(shì)會(huì)主席單位（中國(guó)大陸唯一），中華醫學(xué)會(huì)小兒外科委員會(huì)常委單位，中華醫學(xué)會(huì)上海分會(huì)小兒外科委員會(huì)副主委單位，擁有《中華小兒外科雜志》與《臨床小兒外科雜志》副主編，在國(guó)内外占有重要的學(xué)術地位。專科連續5次獲得衛生部臨床重點項目資助。本專業承擔的國(guó)家自然科學(xué)基金，衛生部臨床重點項目，教育部，上海市科委等科研項目共90餘項，經(jīng)費約1500多萬元，居于全國(guó)領先水平。
　　學(xué)術成(chéng)績：依托醫院分子生物實驗室、複旦大學(xué)各院系及中科院實驗室，開(kāi)展各項研究，共獲中華科技獎等國(guó)家、省部級獎18項，發(fā)明專利4項，實用新型專利3項。近5年發(fā)表論文300餘篇，其中SCI收錄近百篇，居于全國(guó)同行業領先水平。主編《實用新生兒外科學(xué)》，《臨床小兒外科學(xué)――新進(jìn)展、新理論、新技術》，《住院醫師規範化培訓兒外科示範案例》、《小兒外科學(xué)》（研究生及規培教材）等多部著作。