兒科研究所成(chéng)立于1979年，是醫院的科研實驗平台和研究生培養的基地，主要承擔支撐學(xué)科、轉化研究和服務臨床的重要任務，爲科研項目的開(kāi)展提供實驗技術支撐和服務，爲研究生實驗研究能(néng)力的培養提供指導和幫助。
　　兒研所管理框架下擁有衛生部新生兒疾病重點實驗室、上海市兒童出生缺陷防治重點實驗室、複旦大學(xué)兒童發(fā)育與疾病轉化醫學(xué)中心和複旦大學(xué)生殖發(fā)育研究院（兒科分部），并設有分子醫學(xué)中心、公共實驗平台、病原學(xué)實驗室、臨床信息生物樣本庫、斑馬魚平台、小鼠動物平台、幹細胞平台以及臨床流行病學(xué)研究室、臨床指南制作與評價中心、兒童健康與政策研究中心。目前，兒研所已經(jīng)擁有一支梯隊層次合理，團結奮進(jìn)，朝氣蓬勃，極富創新能(néng)力的科研團隊。

衛生部新生兒疾病重點實驗室
　　衛生部新生兒疾病重點實驗室成(chéng)立于2005年10月，2009年2月通過(guò)衛生部組織的專家驗收。2010年底首批入選爲國(guó)家臨床重點專科—衛生部重點實驗室建設項目。實驗室主任桂永浩教授，副主任楊毅教授和陳超教授，第三屆學(xué)術委員會(huì)主任爲杜立中教授。
　　實驗室以進(jìn)一步提高我國(guó)危重新生兒的救治水平，降低病死率和傷殘率爲主要目标，針對(duì)在我國(guó)導緻新生兒死亡和傷殘的突出問題：早産、呼吸衰竭、腦損傷、重要髒器畸形、感染等開(kāi)展新理論和新技術的研發(fā)和推廣應用。在新生兒腦損傷的發(fā)生機制與防治及早期康複幹預、肺發(fā)育與損傷、早産兒生命支持和先心及重要髒器畸形的分子機制與早期診治等領域研究處于國(guó)内領先的地位，達到國(guó)際先進(jìn)的水平。
　　實驗室近5年承擔國(guó)家級、省部級及國(guó)際合作研究項目80餘項，研究經(jīng)費近4千萬。研究成(chéng)果獲得教育部科技進(jìn)步二等獎3項，上海市科技進(jìn)步二等獎1項，中華醫學(xué)二等獎2項、三等獎1項，上海醫學(xué)科技二等獎2項。現有正高職稱人員18人，副高職稱人員5人，中初級人員17人。

上海市出生缺陷防治重點實驗室
　　上海市出生缺陷防治重點實驗室于2013年09月由上海市科委批準籌建，是國(guó)内唯一落戶于兒童專科醫院專業開(kāi)展出生缺陷防治的基礎和臨床研究的重點實驗室。實驗室主任黃國(guó)英教授，賀林院士爲第一屆學(xué)術委員會(huì)主任。實驗室設立了三個主攻方向(xiàng)：（1）先天性心髒病發(fā)生學(xué)、早期預警與幹預；（2）神經(jīng)發(fā)育障礙遺傳學(xué)機制與規範化診治技術；（3）重大内髒畸形病理機制與修複重建。
　　實驗室以先天性心髒病、神經(jīng)發(fā)育障礙（孤獨症、先天性智障、遺傳性代謝病等）、重要器官髒器畸形（消化和泌尿系統畸形）等嚴重緻死緻殘性疾病爲重點，圍繞遺傳和環境交互作用的科學(xué)問題展開(kāi)研究，闡明上述重大出生缺陷的病因和發(fā)生機制，研發(fā)早期診治新技術和新策略。
　　實驗室在重大出生缺陷的病因研究、分子基因診斷、臨床幹預治療等方面(miàn)取得了突破性進(jìn)展。新生兒先心病篩查方案研究成(chéng)果發(fā)表于《lancet》，是該雜志自1823年創刊以來首次刊登我國(guó)兒科學(xué)界的研究論著，标志著(zhe)我國(guó)新生兒先天性心髒病篩查工作跻身國(guó)際領先水平。研究成(chéng)果被上海市衛計委列入2015年推廣開(kāi)展的惠民項目，2016年在上海市所有助産機構都(dōu)進(jìn)行了推廣實施；2017年受國(guó)家衛生計生委委托，負責啓動全國(guó)範圍内的新生兒先心病篩查方案制定，在全國(guó)推廣應用。

複旦大學(xué)生殖與發(fā)育研究院兒科分部
　　複旦大學(xué)生殖與發(fā)育研究院于2014年3月正式揭牌成(chéng)立，由複旦大學(xué)附屬婦産科醫院、複旦大學(xué)附屬兒科醫院與上海市計劃生育科學(xué)研究所三家單位共同籌建，是聯合複旦大學(xué)校内生殖與發(fā)育相關學(xué)科的科研資源共同組建而成(chéng)的跨部門、跨學(xué)科的研究機構。兒科分部主要涉及神經(jīng)系統發(fā)育、神經(jīng)腫瘤、Hippo信号轉導通路與腫瘤發(fā)生、染色質重塑與神經(jīng)發(fā)育、腸道(dào)微生物等研究方向(xiàng)。

複旦大學(xué)兒童發(fā)育與疾病轉化醫學(xué)研究中心
　　複旦大學(xué)兒童發(fā)育與疾病轉化醫學(xué)研究中心正式成(chéng)立于2009年12月，轉化醫學(xué)研究中心以轉化醫學(xué)理念爲指導，以發(fā)育生物學(xué)和出生缺陷研究爲主攻方向(xiàng)，并緻力于搭建兒科學(xué)與其他學(xué)科間的橋梁，建立穩定學(xué)科交叉合作機制，注重從臨床問題到實驗室研究，再從實驗室新技術研發(fā)到應用于臨床診斷，建設好(hǎo)複旦大學(xué)兒童發(fā)育與疾病轉化醫學(xué)科技創新平台，提升醫院整體醫療水平，降低5歲以下兒童的病死率和緻殘率。

分子醫學(xué)中心
　　複旦大學(xué)附屬兒科醫院分子醫學(xué)中心成(chéng)立于2011年，由分子診斷實驗室、質譜室、細胞遺傳實驗室和新生兒篩查中心組成(chéng)，爲臨床提供遺傳相關疾病的檢測服務。作爲上海市衛生局定點的三家新生兒篩查中心之一，新生兒篩查中心承擔來自十餘家助産機構每年出生的約4萬新生兒四項疾病的篩查。自2015年獲批國(guó)家高通量測序試點實驗室以來，大力開(kāi)展基于二代測序的高通量檢測項目，包括各專科疾病相關的panel，臨床外顯子以及全外顯子組檢測，建立了24個小時(shí)家系WES快速診斷流程，在臨床疑難危重症遺傳病的快速診斷中發(fā)揮了重要作用。現有臨床醫師4人，實驗室技術員17人，并擁有一支由臨床多個專科資深教授組成(chéng)的專家團隊對(duì)基因檢測報告進(jìn)行審核和解讀。

公共實驗平台
　　主要爲全院科研項目的開(kāi)展和研究生課題研究提供實驗場地和技術支撐與服務，面(miàn)向(xiàng)所有研究生及科研人員開(kāi)放使用。可提供的實驗技術包括常規分子生物學(xué)技術、細胞生物學(xué)技術、流式細胞檢測技術和病理形态分析技術等。下設分子生物學(xué)實驗室、細胞實驗室、免疫組化形态學(xué)實驗室、動物取材室和動物造模室。中心實驗室采取開(kāi)放式大實驗室設計，包括64個實驗台、37個研究生座位。實驗室配有1間冷庫及2間冰箱房用于生物樣本和試劑的儲存。實驗室主要的大型設備包括熒光定量PCR儀、流式細胞儀、熒光化學(xué)發(fā)光儀、Leica組織形态學(xué)處理設備、熒光顯微分析設備，包括具備自動掃描載物台，可進(jìn)行大圖片拼接的Leica 6000B，以及可進(jìn)行四色熒光顯微成(chéng)像、免疫熒光定位、定量、三位重組和動态測量的Leica SP8設備等。 

臨床信息與生物樣本庫
　　以複旦大學(xué)附屬兒科醫院豐富的臨床病例資源爲基礎，建立了規範化的病例收集、樣本處理、儲存及質量控制系統，實現了生物樣本的規範化收集、管理和使用。醫院采用基于整體戰略儲備的一級庫，以及基于科室和課題組需求的二級樣本庫，配備了一批深低溫冰箱和溫度監控系統，以及在線的軟件錄入系統，爲樣本收集提供便利條件和管理服務。樣本庫”已獲人類遺傳資源行政許可（國(guó)科遺辦審字【2017】508号HGR-2017-7-96)。

斑馬魚研究平台
　　已建成(chéng)可容納12000條成(chéng)魚的飼育系統，可同時(shí)滿足多個研究小組進(jìn)行斑馬魚相關研究。平台配備了顯微注射系統、動物行爲記錄和分析系統、高分辨率熒光顯微鏡等設備，也成(chéng)功建立了先進(jìn)的CRISPR-Cas9基因敲除、焦慮、社交等相關行爲分析技術。這(zhè)些建設推動了在分子、細胞和整體水平開(kāi)展的發(fā)育疾病相關功能(néng)研究。
　　目前兒研所斑馬魚實驗平台主要開(kāi)展的項目包括：（1）斑馬魚基因敲除模型構建：基于CRISPR-Cas9技術；（2）斑馬魚轉基因品系構建：基于轉座酶技術；（3）基因或藥物對(duì)斑馬魚運動行爲特征的影響分析：神經(jīng)精神系統疾病相關，運動系統相關，内分泌等相關；（4）基因突變或小分子化合物對(duì)斑馬魚形态、器官、發(fā)育等的影響及分析。

小鼠動物平台
　　已建立擁有國(guó)際水準的SPF級及IVC小鼠飼養室，可提供SPF級小鼠飼養和動物行爲學(xué)檢測等服務。擁有顯微操作設備技術和專業動物飼養管理團隊。平台配有萬級淨化室，并設有2間更衣室、風淋室、飼養室以及緩沖間，實行單向(xiàng)進(jìn)出路線，并設有物品傳遞窗。動物房使用IVC小鼠獨立通氣飼養系統，科研樓5樓動物房可容納7個籠架1512個小鼠飼養籠盒，7樓可容納10個籠架2142個小鼠籠盒，并且各配有超淨台進(jìn)行各項實驗操作。

幹細胞平台
　　已建立包括基因編輯實驗室及萬級淨化幹細胞培養房，配備了6台生物安全櫃。可進(jìn)行病人來源的皮膚細胞及外周血細胞重編程誘導多能(néng)幹細胞系的構建。另有專門的細胞分化房，可進(jìn)行多能(néng)幹細胞的體外誘導分化至神經(jīng)系統細胞，内胚層細胞等。基因編輯平台：配有常規PCR、細菌培養、電轉儀等儀器設備，可開(kāi)展人幹細胞基因編輯工作。

臨床流行病學(xué)研究室
　　臨床流行病學(xué)研究室成(chéng)立于2011年1月，主要研究方向(xiàng)“兒童肥胖相關疾病遺傳學(xué)研究和人群防治”，同時(shí)作爲服務于臨床研究的共享技術平台，爲我院大型臨床研究申請立項、優化研究設計、實施質控、數據管理、統計分析和發(fā)表論文提供流行病學(xué)和生物統計學(xué)專業技術支持。同時(shí)承擔臨床流行病學(xué)教學(xué)、科研咨詢和專題講座，不斷提高我院醫生、研究生的臨床研究素養和能(néng)力。
　　科室擅長(cháng)的專業方向(xiàng)和領域：（1）随機化臨床試驗（RCT）的全套解決方案：研究設計、注冊、樣本量設計、随機化分組方案、數據管理、統計分析、論文撰寫支持。（2）基于真實世界病人臨床數據的療效比較分析、預後(hòu)因素分析、診斷準确性分析。

臨床指南制作和評價中心
　　成(chéng)立于2017年4月，旨在加快落實國(guó)家兒童醫學(xué)中心建設，提高兒科疾病、公共衛生領域的臨床指南或專家共識等的制定。主要工作方向(xiàng)包括：（1）宣傳、倡導和踐行規範化制定臨床指南；（2）審議、指導和監督中國(guó)兒科臨床指南制定工作委員會(huì)成(chéng)員醫院提議制作的指南；（3）利用兒科臨床指南制定工作委員會(huì)專家的學(xué)術影響力推廣臨床指南的解讀和應用；（4）組織培訓指南制作流程和重要環節（文獻檢索策略、文獻評價工具、Meta分析和GRADE等）
兒童健康與政策研究中心
　　成(chéng)立于2017年12月，以加快落實國(guó)家兒童醫學(xué)中心建設，建立兒童健康政策研究平台爲宗旨，主要開(kāi)展兒童健康發(fā)展戰略和管理政策、兒科醫療運行機制、兒科學(xué)科人才發(fā)展策略、互聯網+兒童健康信息管理模式等兒童健康重大問題研究，爲推進(jìn)國(guó)家兒童醫學(xué)中心建設和醫院管理創新提供政策咨詢和決策支持。